GHDL tiene una página info (info ghdl) y manuales en línea en su sitio oficial. Puedes bajarte parte de esa documentación aquí.
GTKWAVE incluye documentación en formato HTML, aunque es muy intuitivo y sencillo. La versión 1.3.24 también tiene una ayuda en línea totalmente traducida al español que describe la funcionalidad de las opciones de menú; puede servirte como punto de partida.
GNAT viene con dos manuales en formato HTML: la referencia básica y la guía de usuario, instaladas en el directorio /usr/gnat/doc, aunque si no vas a programar en Ada no los necesitarás; puedes borrarlos y así ganar algo de espacio.